Akciğer kanseri teşhis ve tedavisine yönelik yazılım geliştirilecek

Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Kısmı Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ın yürütücülüğünü yaptığı, “Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Bilgilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Tahlilleri İçin Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi” başlıklı proje Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) Araştırma Takviye Ünitesi (ARDEB)  Hızlı Dayanak Programı kapsamında desteklenmeye uygun bulundu. Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Budak, üretken bilim insanı Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ı tebrik ederek muvaffakiyetler diledi.

Araştırma ile ilgili bilgi veren Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz,  “Tek hücre RNA sekanslama prosedürleri çoklukla transkripte olan genlerin 3’-UTR ucunun yakalanarak sekanslanması prensibine dayanmaktadır. Bu sayede elde edilen sekans okumaları genin ekspresyon düzeyini ölçmede kullanılırken potansiyel olarak genin hangi transkript izoformunun daha etkin olduğu bilgisini de verebilmektedir. Buna ek olarak KHDAK tümör tek hücre transkriptom profilleri bugüne kadar tümöre mahsus PA noktalarının incelenmesine mevzu olmamıştır. Bu bakış açısı ile tek hücre RNA sekanslama bilgilerinin tekrar biyoinformatik incelemeden geçirilmesi gerekmektedir” dedi.

Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz,  “Tek hücre sekanslama çalışmalarıyla oluşan birden fazla bilgi setinin entegrasyonu ile tümör hücrelerinin olağan hücrelerle mukayeseli tahlili sonucu poliadenilasyon noktalarının belirlenmesi ve tümöre mahsus profillerinin çıkarılması şimdi KHDAK için gerçekleştirilmemiştir. Bu proje ile akciğer kanseri tek hücre araştırmalarında mevcut olan bu eksiklik giderilmeye çalışılacaktır. Tek hücre tümör transkriptom profilleri bazında alternatif poliadenilasyon kullanımının hasta prognostik dataları ile ilişkilendirilmesini içeren bir çalışmaya şimdi literatürde rastlanmamıştır. Bu çalışma ile alternatif poliadenilasyon kullanımının tümör prognostik bilgiler ile ilgisi incelenerek uzun periyotlu hayatta kalıma (long-term survival) tesiri incelenecektir” diye konuştu.

Tümör hücrelerinin profilleri belirlenecek

Projenin emeli ile ilgili ayrıntıları da paylaşan Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz,  “Bu proje ile evvelden üretmiş olduğumuz ‘endSeqTools’ isimli biyoinformatik aracımızı APA takasları için istatistik testleri de yapabilir halde tek hücre sekanslama bilgilerine de uyarlayarak yeni bir yaklaşım gerçekleştirecektir. Tek hücre sekanslama dataları hücre cinsine mahsus alternatif poliadenilasyon noktası profillerinin çıkarılmasına ve bu profillerin işlevsel olarak çalışılabilmesine imkan sağlayabilir. Bu araştırmanın temel maksadı tek hücre transkriptom dataları kullanılarak olağan hücrelerden farklı olarak KHDAK tümör hücrelerine mahsus 3’-UTR kullanımı ve alternatif poliadenilasyon noktalarının belirlenmesidir. Bu hedefle evvelce yayınlanmış çalışmalardaki akciğer kanseri tek hücre RNAseq bilgileri elde edilecek ve bu hedef için yine dizayn edeceğimiz biyoinformatik aracımız ile tümör hücrelerinin poliadenilasyon profilleri belirlenecektir. Malignant olmayan olağan hücrelerin profilleri ile mukayeseli tahliller sayesinde tümör hücrelerinin kullanmış olduğu alternatif poliadenilasyon noktaları istatistiki testler ile tespit edilecek ve ilgili genlerin biyobelirteç olma potansiyelleri incelenecektir” dedi.

Kaynak: (BYZHA) Beyaz Haber Ajansı